MP4の編集が上手くいかない

GvG動画のダイジェスト版を編集しようとしているんですが、AVIUtlでのMP4ファイルの編集が今一つ上手く出来ません。
必要な部分と要らない部分をキーフレーム毎に区切ってカット＆ペーストしているのですが、出来上がるファイルは再生途中でエラーが出るものになるか、1シーン丸々音声なしになってしまいます。
結構気合の入った設定(プリセット→niconico:超画質。E8600の4GHzで27時間かかった)でエンコードしたので、できれば再エンコードはしたくないのだが・・・
もう少し頑張ってみますかね〜